Эндоскопия в головном мозге не требует вскрытие черепной коробки. В этом плюс эндоскопических операций. Доступ к месту оперирования осуществляется благодаря маленьким отверстиям в черепе. Многие операции даже можно проводить через ноздри носа. Данным образом, возможно удалить опухоль мозгового придатка.

Посредством эндоскопа возможно удалить гематому (даже объемная), кисту, опухоль, сосудистые дефекты, аневризм головного мозга. Детям проводят операцию, которая называется вентрикулоскопия, Такая операция предполагает применение эндоскопа с целью удаления секрета из желудков головного мозга.